DIRECCIÓN Y COORDINACIÓN: Dra. Carolina VELEZ y Dra. Delia María WILLIAMSON respectivamente, docentes de la cátedra Biología General perteneciente al Departamento de Ciencias Básicas de la Facultad de Ciencias Veterinarias de la Universidad Nacional de La Pampa.
DOCENTE INVESTIGADOR INVITADO: el Dr. Claudio BARBEITO, Investigador de CONICET y Profesor de la Facultad de Veterinarias de la Universidad Nacional de La Plata.
FUNDAMENTOS:
El fin del curso es instruir a los participantes en las principales técnicas de proceso y análisis de imágenes, utilizando el programa ImageJ-Fiji, adquiriendo los conocimientos teóricos y sobre todo prácticos que les permitirán analizar sus propias imágenes. Se parte de los procedimientos básicos para la restauración de las imágenes y la eliminación del ruido; se repasará la aplicación de las principales técnicas de segmentación, y se dedicará una especial atención a la preparación de máscaras binarias para la cuantificación y el análisis de imagen semiautomático (densidad óptica y porcentaje de área inmunomarcada). Por otro lado, se trabajará con la programación de “macros” que permiten la creación de aplicaciones a medida para la resolución de problemas concretos. Aunque los ejemplos que se analizarán a lo largo del curso son de placenta porcina los usuarios podrán extrapolarlos fácilmente a sus áreas de conocimiento.
OBJETIVOS:
• Formar en el uso básico del programa de procesado y análisis de imágenes ImageJ/Fiji a investigadores y técnicos que utilizan técnicas de análisis digital en imágenes de microscopía.
• Brindar un enfoque fundamentalmente práctico, y para ello se utilizará el software de libre distribución ImageJ/Fiji tanto en las etapas de preprocesado como de análisis intermedio o avanzado.
• Presentar y analizar el lenguaje de "macros" que permite llevar a cabo tareas específicas en problemas concretos sin requerir un conocimiento avanzado de programación.
CONTENIDOS:
• Introducción a la imagen digital.
• Instalación programa, actualizaciones, plugins.
• Herramientas básicas del ImageJ.
• Tratamientos de imagen digital. Ajustes luminosidad, calibración imágenes. Mediciones morfométricas.
• Medidas y cuantificación de inmunotinciones.
• Deconvolución. Imágenes binarias.
• Parámetros a cuantificar, medidas de intensidad en un área. Densidad óptica.
• Manipulación del histograma y segmentación. Porcentaje de área inmunomarcada.
• Automatización de procesos. Cómo escribir un macro. Ejemplos de macros.
FECHA Y HORARIO DE REALIZACIÓN: 05 y 06 de Septiembre de 2019, de 08.00 hs. a 18.00 hs.
DESTINATARIOS: Docentes-investigadores, técnicos y estudiantes becarios y/o participantes de proyectos de investigación de la Facultad de Ciencias Veterinarias de la UNLPam y de carreras afines. Curso dirigido a profesionales en el conocimiento e implementación de técnicas de procesado de imágenes en microscopía.
DISERTANTES.
• Dr. Claudio BARBEITO: Introducción a la imagen digital. Instalación programa, actualizaciones, plugins. Herramientas básicas del ImageJ. Teórico/práctico, 5 hs reloj.
• Dra. Carolina VELEZ: Tratamientos de imagen digital. Ajustes luminosidad, calibración imágenes. Mediciones morfométricas. Medidas y cuantificación de inmunotinciones. Deconvolución. Imágenes binarias. Porcentaje de área inmunomarcada. Automatización de procesos. Cómo escribir un macro. Ejemplos de macros. Teórico/práctico, 8 hs reloj.
• Dra. Mariángeles CLAUZURE: Parámetros a cuantificar, medidas de intensidad en un área. Densidad óptica.
METODOLOGÍA DE TRABAJO: Teórico-práctico. El software que se utilizará en el curso será libre y se facilitará a los participantes durante el mismo (ImageJ-Fiji).
CRONOGRAMA DE DICTADO:
05 de Septiembre de 2019
8:00-9:00 hs: Presentación del curso y de los participantes.
9:00 -13:00 hs: Introducción a la imagen digital. Instalación programa. Herramientas básicas.
13:00-14:00 hs: Almuerzo
14:00 -18:00 hs: Tratamientos de imagen digital. Ajustes luminosidad, calibración imágenes. Mediciones morfométricas. Medidas y cuantificación de inmunotinciones. Deconvolución. Imágenes binarias.
06 de Septiembre de 2019
8:00-13:00 hs: Parámetros a cuantificar, medidas de intensidad en un área. Densidad óptica.
13:00-14:00 hs: Almuerzo
14:00 -18:00 hs: Manipulación del histograma y segmentación. Porcentaje de área inmunomarcada. Automatización de procesos. Cómo escribir un macro. Ejemplos de macros.
CARGA HORARIA: El curso tendrá 20 horas reloj como carga horaria completa.
CUPO: 20 asistentes.
SISTEMA DE EVALUACIÓN: Con evaluación final.
BIBLIOGRAFÍA: La Bibliografía específica será provista a cada uno de los alumnos inscriptos para realizar dicha actividad, debido a la gran diversidad de temáticas que abarcará el curso propuesto.
ARANCEL: $3.000. Docentes del Departamento de Ciencias Básicas 100% becados (Trámite de la Beca: Secretaría Académica de la FCV-UNLPam)
LUGAR DE REALIZACIÓN: Facultad de Ciencias Veterinarias, Universidad Nacional de La Pampa.
INSCRIPCIÓN E INFORMES:
Secretaría de Investigación, Posgrado y Extensión
Facultad de Ciencias Veterinarias de la UNLPam
Calle 116 esq. 5. Tel. 2302-421607/422617/421920. Interno 6101/6102
E-mail: posgrado@vet.unlpam.edu.ar
